Sus grandes centros de educación superior son resultado del interés de la ciudad por el conocimiento y desarrollo de la investigación científica, por lo que hoy en día es reconocida como centro de la educación en el sureste mexicano. De carácter público y privado, sin afiliación religiosa o católica, las universidades yucatecas con sede en Mérida se distinguen por el alto nivel educativo que ofrecen.

UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE YUCATÁN
Máxima casa de estudios superiores del estado de Yucatán. Institución pública.
Calle 60 No. 491-A por 57
Tel. (999) 930-0900
http://www.uady.mx/

UNIVERSIDAD DEL MAYAB
Institución de educación superior y de postgrado auspiciada por los Legionario de Cristo.
Carretera Mérida-Progreso Km. 15.5
Tel. (999) 942 4800
http://www.unimayab.edu.mx/

UNIVERSIDAD MARISTA DE MÉRIDA
De afiliación católica marista, esta institución de educación superior privada ofrece licenciaturas, ingenierías, maestrías y diplomados.
Periférico Norte Tablaje Catastral 13941 Carretera Mérida - Progreso
Tel. (999) 941 0307
http://www.marista.edu.mx/

UNIVERSIDAD TECNOLOGICA METROPOLITANA
Educación técnica superior.
Calle 115 No 404 x 50 Colonia Santa Rosa
Tel. (999) 940 6102

ESCUELA MODELO
Fundada en 1910 como proyecto conjunto con la Escuela Normal de Veracruz, esta institución educativa ofrece actualmente educación privada a partir de nivel preescolar y hasta nivel superior y postgrados.
S.C.P. Calle 56-A Paseo de Montejo No. 444.
Tel. (999) 927 9833
http://www.modelo.edu.mx/